สารนี้ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนในห้องปฏิบัติการ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนฮิสติดีน (Histidine) ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ Boc-L-His(Dnp)-OH มีกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ที่ช่วยป้องกันกลุ่มเอมีนหลัก และกลุ่ม Dnp (dinitrophenyl) ที่ช่วยป้องกันไอมิดาโซลในโครงสร้างของฮิสติดีน ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีของกรดอะมิโนและพัฒนายาเปปไทด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง