สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่ฟังก์ชันอะมิโน เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ระหว่างกระบวนการประกอบเปปไทด์ ส่วนของ chloroindole ทำให้สารนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ต้องการสารตกค้าง indole เฉพาะเจาะจง ซึ่งมักพบในเปปไทด์หรือโปรตีนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ สารประกอบนี้จะถูกกำจัดกลุ่มป้องกันอย่างระมัดระวังหลังจากการยืดห่วงโซ่เปปไทด์เพื่อให้ได้ลำดับเปปไทด์ที่ต้องการ การประยุกต์ใช้สารนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งในงานวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์หรือการศึกษาการโต้ตอบของโปรตีน โดยมักใช้ในเทคนิคสังเคราะห์เปปไทด์แบบของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis)