Fmoc-(3-aminomethyl) benzoic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์และโมเลกุลทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่ม Fmoc ที่อยู่ในโครงสร้างทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอรีดีน ทำให้สามารถควบคุมลำดับของเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายาและสารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ