ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกก่อสร้างคีรอล (chiral building block) โดยเฉพาะในการเตรียมอนุพันธ์ฟลูออรีนของเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ กลุ่ม 3,5-ดิฟลูออโรฟีนิลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยเภสัชกรรมในการพัฒนายับยั้งโปรตีเอสและลิแกนด์รีซีพเตอร์ กลุ่ม Fmoc ช่วยให้สามารถทำการสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง (solid-phase synthesis) ได้ ซึ่งเอื้อต่อการประกอบเปปไทด์ทีละขั้นตอนภายใต้สภาวะเบสอ่อน สเตอรีโอเคมีของสารนี้มีความสำคัญต่อการรักษากิจกรรมทางชีวภาพในโมเลกุลเป้าหมาย โดยเฉพาะในยาที่ซึ่งความเลือกเอนานติโอเมอร์ส่งผลต่อประสิทธิภาพและความปลอดภัย ใช้อย่างแพร่หลายในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรม (SAR studies)