ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างเปปไทด์ที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงของโครงสร้างสามมิติ เนื่องจากหมู่ Fmoc ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ช่วยให้สามารถควบคุมลำดับการเติมกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ โครงสร้างที่มีวงแหวนอะโรมาติกและหมู่เมธอกซีสองหมู่ช่วยเพิ่มความเข้ากันได้กับตัวทำละลายอินทรีย์ และสามารถปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางชีวภาพของเปปไทด์ปลายทาง เช่น ความสามารถในการผ่านเยื่อหุ้มเซลล์หรือการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ นิยมใช้ในการวิจัยสารประกอบใหม่สำหรับการแพทย์และชีววิทยาโมเลกุล