ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ซึ่งช่วยให้สามารถถอดการป้องกันและการจับคู่ได้อย่างเลือกสรร หมู่ Boc ให้การป้องกันชั่วคราวแก่หมู่อะมิโนอัลฟา ในขณะที่หมู่ Dnp (ไดไนโตรฟีนิล) ปกป้องหมู่อะมีนของสายข้างของกรดไดอะมิโนโพรพีโอิก (diaminopropionic acid) ซึ่งช่วยให้กลยุทธ์การป้องกันแบบออร์โธกอนัลในกระบวนการประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อน หมู่ Dnp สามารถถอดออกได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะอ่อนโยนโดยใช้ไทออล ซึ่งช่วยลดปฏิกิริยาข้างเคียง สารนี้มีประโยชน์เป็นพิเศษในการสังเคราะห์แบบเฟสของแข็งและเฟสของเหลวของเปปไทด์ที่มีโครงสร้างและเปปไทด์มิมิติกส์ที่ต้องการการควบคุมปฏิกิริยาอย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการเตรียมเปปไทด์ที่ติดฉลากและไบโอคอนจูเกตเนื่องจากธรรมชาติโครโมโฟริกของหมู่ Dnp ซึ่งช่วยในการตรวจสอบปฏิกิริยา