ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโซ่เปปไทด์ที่ซับซ้อน มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) เนื่องจากกลยุทธ์การป้องกันแบบคู่ โดยกลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ปกป้องไนโตรเจนของพิเพอราซีนตัวหนึ่ง และกลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ปกป้องไนโตรเจนของพิเพอราซีนอีกตัว ซึ่งช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกเพศและเพิ่มกรดอะมิโนตามลำดับ ทำให้สามารถสังเคราะห์เปปไทด์ได้อย่างแม่นยำสูง นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ ซึ่งคุณสมบัติโครงสร้างของมันช่วยอำนวยความสะดวกในการรวมหมู่พิเพอราซีน ซึ่งมักใช้เพื่อเพิ่ม bioavailability และกิจกรรมทางเภสัชวิทยา การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยทางชีวเคมี ซึ่งช่วยในการศึกษาการโต้ตอบของเปปไทด์และการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่