สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะ protecting group สำหรับกรดอะมิโน กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ช่วยปกป้องกลุ่มอะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ ส่วนของ 2-nitrophenyl สามารถทำหน้าที่เป็น protecting group ที่ไวต่อแสง (photolabile protecting group) ซึ่งช่วยให้สามารถกำจัด protecting group ได้อย่างเลือกสรรโดยการฉายแสง หน้าที่คู่นี้ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์แบบ solid-phase ซึ่งขั้นตอนการกำจัด protecting group และการ coupling ที่ควบคุมได้เป็นสิ่งสำคัญ นอกจากนี้ โครงสร้างของมันยังช่วยให้การทำให้บริสุทธิ์และแยกเปปไทด์มีประสิทธิภาพ ส่งผลให้ได้ผลผลิตสูงและความบริสุทธิ์ในผลิตภัณฑ์สุดท้าย