สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis: SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยที่กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่ฟังก์ชันอะมิโน และกลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) ป้องกันไนโตรเจนของอินโดลในสายข้างของทริปโตเฟน กลยุทธ์การป้องกันแบบคู่นี้ช่วยให้เกิดการถอดป้องกันแบบเลือกเพศในระหว่างการประกอบเปปไทด์แบบขั้นตอนทีละขั้น ซึ่งช่วยให้สามารถควบคุมลำดับได้อย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้สารนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัย ยา และเทคโนโลยีชีวภาพ ซึ่งต้องการความบริสุทธิ์สูงและลำดับเฉพาะเจาะจง