บ็อก-แอล-เซรีน เบนซิล เอสเตอร์ ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของเซรีน กลุ่มบ็อก (tert-butoxycarbonyl) ช่วยปกป้องกลุ่มอะมิโน ในขณะที่เอสเตอร์เบนซิลป้องกันกลุ่มคาร์บอกซิล ทำให้สามารถทำปฏิกิริยาแบบเลือกสรรได้ในระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) ซึ่งขั้นตอนการถอดป้องกันและการจับคู่ที่ควบคุมได้นั้นจำเป็น สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมเปปไทด์ที่มีเซรีนสำหรับการวิจัยเภสัชกรรม ซึ่งช่วยในการพัฒนายา สารยับยั้งเอนไซม์ และเปปไทด์ชีวภาพ ความเสถียรและความง่ายในการถอดออกภายใต้สภาวะเฉพาะทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในเคมีอินทรีย์และเคมียารักษา