L-Asparagine tert-butyl ester ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับฟังก์ชันคาร์บอกซิลของอะสพาราจีน สารประกอบนี้ช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ สร้างความสมบูรณ์และความเฉพาะเจาะจงของโซ่เปปไทด์ที่กำลังสังเคราะห์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) ซึ่งต้องการการถอดกลุ่มปกป้องแบบเลือกสรรเพื่อสร้างเปปไทด์ซับซ้อนทีละขั้นตอน นอกจากนี้ กลุ่มเอสเตอร์เทอร์ต-บิวทิลของมันสามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้เป็นตัวเลือกที่สะดวกสำหรับนักวิจัยในชีวเคมีและการพัฒนายา การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการผลิตเปปไทด์ชีวภาพและตัวแทนบำบัด ซึ่งการควบคุมโครงสร้างโมเลกุลอย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ