1-Fmoc-piperidine-4-carboxylic acid ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นบล็อกสร้างที่ได้รับการป้องกัน โดย Fmoc group ปกป้องไนโตรเจนของพิพีรีดีน (อะมีนระดับรอง) ทำให้สามารถคัปปลิงกรดคาร์บอกซิลิกกับโซ่เปปไทด์ที่กำลังเติบโตได้อย่างเลือกสรร โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจาก Fmoc มีความเสถียรในสภาวะกรดและสามารถกำจัดได้ง่ายด้วยเบสอ่อน เช่น พิพีรีดีน ซึ่งช่วยควบคุมการประกอบเปปไทด์อย่างแม่นยำและนำหมู่ piperidine-4-carboxylic acid เข้าสู่โครงสร้างที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารกลางทางเภสัชกรรม โมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ Peptidomimetics และสารอินทรีย์อื่นๆ ที่ต้องการการป้องกันอะมีนแบบเลือกเพศ