Fmoc-N-Methyl-L-tryptophan ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการใช้เป็นหน่วยสร้างในเทคนิค Solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ที่ติดอยู่ช่วยในการป้องกันกลุ่มเอมีนอัลฟาที่ถูกเมทิล (N-methyl) ระหว่างการสังเคราะห์ และสามารถกำจัดออกได้ง่ายในขั้นตอนสุดท้าย กลุ่ม N-methyl บนไนโตรเจนอัลฟาสามารถจำกัดความยืดหยุ่นของโครงสร้าง backbone ของเปปไทด์ ส่งผลต่อการพับตัวของเปปไทด์ และเพิ่มความคงตัวทางชีวภาพ (เช่น ทนต่อการย่อยสลายโดยเอนไซม์) ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างหรือหน้าที่เฉพาะ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางชีวเคมี รวมถึงการพัฒนายาเปปไทด์ในงานวิจัยเภสัชกรรม