Fmoc-Phe(2-I)-OH ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis: SPPS) มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยที่กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับกลุ่มเอมีนในระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ การแทนที่ด้วยไอโอดีนบนโซ่ข้างของฟีนิลอะลานีนนำเสนอปฏิกิริยาที่ไม่เหมือนใคร ทำให้มีคุณค่าต่อการดัดแปลงหลังการสังเคราะห์ เช่น ปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling reactions) ในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์ที่ใช้ฐานเปปไทด์หรือวัสดุชีวภาพ สารประกอบนี้มีประโยชน์เป็นพิเศษในการสร้างเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างหรือหน้าที่เฉพาะ เช่น ที่จำเป็นในงานค้นคว้ายา ค้นคว้าทางชีวเคมี และการพัฒนายาตัวมุ่งเป้า (targeted therapeutic agents) การประยุกต์ใช้ของมันขยายไปถึงการสังเคราะห์ไลบรารีเปปไทด์สำหรับการคัดกรองแบบความเร็วสูง (high-throughput screening) ในกระบวนการพัฒนายา