Fmoc-Phe(2,6-DiF)-OH ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่อะมิโน ซึ่งช่วยให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนตามลำดับเพื่อสร้างเปปไทด์ที่มีลำดับที่แม่นยำ การมีสารย่อย 2,6-ไดฟลูออโรบนห่วงข้างของฟีนิลอะลานีนนำเสนอคุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความเสถียรที่เพิ่มขึ้นหรือความสัมพันธ์ในการจับที่เปลี่ยนแปลง ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบเปปไทด์สำหรับการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรม สารนี้มักใช้ในการพัฒนายาเปปไทด์ ตัวยับยั้งเอนไซม์ และโพรบสำหรับศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีนกับโปรตีน