Boc-His-OH ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในรูปแบบที่ป้องกันของฮิสทิดีน (Histidine) โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบสำคัญในการผลิตเปปไทด์และโปรตีน เพื่อให้ส่วนของฮิสทิดีนคงความเสถียรระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (SPPS) ซึ่งช่วยในการประกอบกรดอะมิโนทีละขั้นตอน นอกจากนี้ Boc-His-OH ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์ รวมถึงยาที่มุ่งเป้าไปยังการยับยั้งเอนไซม์และการปรับการทำงานของตัวรับ เนื่องจากบทบาทของฮิสทิดีนในตำแหน่งเราอะไลติกและการจับติด การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล ซึ่งช่วยในการศึกษากโครงสร้างและการทำงานของโปรตีน