Epoxomicin ถูกใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งโปรตีโอโซมที่มีประสิทธิภาพสูงและเลือกสรรได้เฉพาะเจาะจง โดยบล็อกกิจกรรมคล้ายไคโมทริปซินของโปรตีโอโซม ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าตในการศึกษากลไกการย่อยสลายโปรตีน กระบวนการในเซลล์ และบทบาทของระบบยูบิควิติน-โปรตีโอโซมในโรคต่างๆ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่การวิจัยมะเร็ง ซึ่งช่วยในการทำความเข้าใจการเจริญเติบโตของเนื้องอกและการระบุเป้าหมายบำบัดที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ Epoxomicin ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาด้านประสาทวิทยาศาสตร์เพื่อสำรวจโรคเสื่อมถอยของระบบประสาทที่เกี่ยวข้องกับการพับตัวผิดปกติและการรวมตัวของโปรตีน เช่น โรคอัลไซเมอร์และพาร์กินสัน ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นสารประกอบที่สำคัญในการพัฒนาความรู้ด้านชีววิทยาเซลล์และการพัฒนายา