PronaseE ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและชีวเคมีเพื่อย่อยสลายโปรตีนให้เป็นเปปไทด์ขนาดเล็กหรือกรดอะมิโน โดยเฉพาะในกระบวนการแยกเซลล์และการเตรียมตัวอย่างสำหรับการวิเคราะห์ทางโปรตีโอมิกส์ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติของผลิตภัณฑ์ เช่น การย่อยโปรตีนในเนื้อสัตว์หรือผลิตภัณฑ์นมให้มีความนุ่มและรสชาติดีขึ้น ในทางการแพทย์ PronaseE ถูกนำมาใช้ในการเตรียมเนื้อเยื่อสำหรับการตรวจวิเคราะห์ทางพยาธิวิทยา และยังมีบทบาทในการวิจัยทางเภสัชกรรมเพื่อศึกษากลไกการทำงานของยาและโปรตีนเป้าหมาย