Prolidase จากไตหมู ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีวเคมีเนื่องจากความสามารถในการไฮโดรไลซ์ไดเปปไทด์ที่มีโพรลีนหรือไฮดรอกซีโพรลีนที่ปลาย C-terminus เอนไซม์นี้มีบทบาทสำคัญในการศึกษาการเมแทบอลิซึมของคอลลาเจน เนื่องจากช่วยย่อยสลายเปปไทด์ที่มีโพรลีน ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของคอลลาเจน นอกจากนี้ยังใช้ในการวินิจฉัยทางคลินิกเพื่อประเมินภาวะขาด prolidase ซึ่งเป็นความผิดปกติทางพันธุกรรมหายากที่ส่งผลต่อการหมุนเวียนของคอลลาเจนและนำไปสู่ความผิดปกติของผิวหนังและระบบต่างๆ prolidase ยังใช้ในเทคโนโลยีชีวภาพสำหรับการจัดลำดับโปรตีนและการสังเคราะห์เปปไทด์ ทำให้สามารถวิเคราะห์และสร้างโครงสร้างเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การพัฒนายาเพื่อรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายคอลลาเจนและการสมานแผล