Carboxypeptidase Y ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีสำหรับการจัดลำดับโปรตีนและการทำแผนที่เปปไทด์ โดยเฉพาะการตัดพันธะเปปไทด์ที่ปลาย C-terminal ของกรดอะมิโน ทำให้มีคุณค่าในการวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีน เอนไซม์นี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในโปรตีโอมิกส์สำหรับการระบุการดัดแปลงหลังการแปลและการจำแนกชิ้นส่วนโปรตีน นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตเปปไทด์ชีวภาพและในการศึกษากinetics ของเอนไซม์และความจำเพาะเจาะจง ความสามารถในการทำงานภายใต้ช่วง pH ที่กว้างช่วยเพิ่มความยืดหยุ่นในสถานการณ์ทดลองต่างๆ