โปรตีเอสถูกใช้อย่างแพร่หลายในหลากหลายอุตสาหกรรม เนื่องจากมีความสามารถในการย่อยสลายโปรตีนเป็นเปปไทด์หรือกรดอะมิโนขนาดเล็กลง

ในอุตสาหกรรมผงซักฟอก โปรตีเอสเป็นส่วนประกอบสำคัญในผลิตภัณฑ์ซักผ้าและล้างจาน ช่วยขจัดคราบจากโปรตีน เช่น เลือด เหงื่อ และเศษอาหาร

ในอุตสาหกรรมอาหาร โปรตีเอสใช้ในการทำให้เนื้อสัตว์นุ่มขึ้น ปรับเปลี่ยนคุณสมบัติของโปรตีน และผลิตโปรตีนไฮโดรไลเซตสำหรับเพิ่มรสชาติหรืออาหารเสริมโภชนาการ

อุตสาหกรรมเครื่องหนังใช้โปรตีเอสในการกำจัดขนและทำให้หนังนุ่มขึ้น ลดการใช้สารเคมีที่รุนแรง

ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โปรตีเอสมีบทบาทในยาช่วยย่อยอาหาร ยาต้านการอักเสบ และการทำความสะอาดแผล

นอกจากนี้ โปรตีเอสยังจำเป็นในเทคโนโลยีชีวภาพและการวิจัยสำหรับการวิเคราะห์โปรตีน รวมถึงการย่อยโปรตีนก่อนการสเปกโตรเมตรีมวลและการทำให้บริสุทธิ์โปรตีนรีคอมบิแนนต์ โปรตีเอสยังใช้ในการวินิจฉัยโมเลกุลและการผลิตวัคซีนที่ต้องการการตัดโปรตีนอย่างแม่นยำ