อะโซเคซีนถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารตั้งต้นในการทดสอบเอนไซม์ โดยเฉพาะเอนไซม์โปรตีเอส เช่น โปรติเอส การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในงานวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล ซึ่งช่วยในการกำหนดกิจกรรมและจลนศาสตร์ของเอนไซม์ โครงสร้างของสารนี้ช่วยให้สามารถถูกตัดโดยโปรติเอส สร้างการเปลี่ยนแปลงที่วัดได้ ซึ่งสามารถวัดปริมาณได้ด้วยวิธีสเปกโตรโฟโตเมตรี ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการศึกษากลไกของเอนไซม์ การคัดกรองตัวยับยั้งโปรติเอส และการประเมินประสิทธิภาพของปฏิกิริยาเอนไซม์ นอกจากนี้ อะโซเคซีนยังถูกนำไปใช้ในอุตสาหกรรมเพื่อทดสอบประสิทธิภาพของโปรติเอสในน้ำยาซักฟอก การแปรรูปอาหาร และการประยุกต์อื่นๆ ที่การย่อยสลายโปรตีนมีความสำคัญ