Calpain Inhibitor II ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาบทบาทของโปรติเอส calpain ในกระบวนการทางเซลล์ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการตรวจสอบกลไกการตายของเซลล์ เช่น apoptosis และ necrosis เนื่องจากการกระตุ้น calpain มักเกี่ยวข้องกับเส้นทางเหล่านี้ นักวิจัยใช้ตัวยับยั้งนี้เพื่อบล็อกกิจกรรม calpain อนุญาตให้แยกผลกระทบของมันและเข้าใจการมีส่วนร่วมในโรค เช่น โรคเสื่อมถอยของระบบประสาท กล้ามเนื้อเสื่อม และการบาดเจ็บจากการขาดเลือด-การคืนเลือด (ischemia-reperfusion injury) นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาการปรับโครงสร้าง cytoskeleton เนื่องจาก calpains มีบทบาทสำคัญในการตัดโปรตีนโครงสร้าง การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการพัฒนายา ที่ซึ่งทำหน้าที่เป็นเครื่องมือในการตรวจสอบ calpain เป็นเป้าหมายการรักษา