อะมัสตาติน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งที่แรงต่ออะมิโนเปปติเดส ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่ตัดกรดอะมิโนจากส่วน N-ปลายของโปรตีนหรือเปปไทด์ การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในการศึกษาบทบาทของเอนไซม์เหล่านี้ในกระบวนการทางชีววิทยาต่างๆ รวมถึงการย่อยสลายโปรตีน การนำเสนอแอนติเจน และการควบคุมฮอร์โมนเปปไทด์ นักวิจัยใช้เพื่อตรวจสอบกลไกการทำงานของเอนไซม์และพัฒนากลยุทธ์การรักษาที่มีศักยภาพโดยมุ่งเป้าไปที่โรคที่เกี่ยวข้องกับอะมิโนเปปติเดส นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาการเพาะเลี้ยงเซลล์เพื่อปรับการประมวลผลเปปไทด์และเข้าใจผลกระทบต่อหน้าที่ของเซลล์ คุณสมบัติการยับยั้งทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการวิจัยโปรตีโอมิกส์และเอนไซมอลอจี