Hygromycin B ใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลและการวิจัยทางพันธุกรรมในฐานะสารเลือกสรรค์ โดยมีประสิทธิภาพสูงในการเลือกและรักษาเซลล์ยูคาริโอติกที่ถูกแปลงด้วยพลาสมิดที่มียีนต้านทาน hygromycin ยาปฏิชีวนะนี้ใช้บ่อยในการเลือกสายเซลล์ที่เสถียร เพื่อให้แน่ใจว่าเซลล์ที่มีการดัดแปลงพันธุกรรมที่ต้องการเท่านั้นที่รอดชีวิต นอกจากนี้ ยังใช้ในเทคโนโลยีชีวภาพพืชเพื่อเลือกพืชทรานส์เจนิกที่รวมยีนต้านทาน hygromycin การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษาฟังก์ชันและการแสดงออกของยีน รวมถึงการพัฒนาองค์ประกอบที่ถูกดัดแปลงพันธุกรรม (GMOs) ในระบบพืชและสัตว์