เปคตินาสถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหาร โดยเฉพาะในการผลิตน้ำผลไม้ เพื่อช่วยย่อยสลายเปคตินในผลไม้ ทำให้ได้น้ำผลไม้มากขึ้น ใสขึ้น แยกกากได้ง่ายขึ้น เพิ่มประสิทธิภาพการกรอง และลดเวลาการแปรรูป

ในอุตสาหกรรมไวน์ เปคตินาสช่วยสกัดสี แทนนิน และรสชาติจากผลไม้ได้ดีขึ้น รวมถึงเร่งให้ไวน์ใสเร็วขึ้น

ใช้ในกระบวนการสกัดน้ำมันจากพืช เช่น น้ำมันมะกอกหรือเมล็ดพืช เพื่อเพิ่มอัตราการสกัด

ช่วยลดความหนืดในเครื่องดื่มจากพืช ใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอสำหรับการแช่ย่อยเส้นใยพืช และในอุตสาหกรรมกระดาษเพื่อกำจัดสารปนเปื้อนจากเปคตินในเส้นใย ทำให้กระบวนการย้อมสีหรือฟอกสีมีประสิทธิภาพมากขึ้น

ใช้ในกระบวนการหมักกาแฟและชาเพื่อปรับปรุงโปรไฟล์รสชาติ ยังใช้ในการบำบัดน้ำเสียและผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดที่มีเศษพืชปนเปื้อน เพื่อช่วยย่อยสลายส่วนประกอบจากพืชให้สลายตัวได้เร็วขึ้น นอกจากนี้ยังพบในอาหารเสริมเอนไซม์ย่อยอาหารบางชนิดเพื่อช่วยย่อยสลายผนังเซลล์พืชในอาหาร