บิสอินโดลิลมาลีอิไมด์ XI ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งที่แรงและเลือกสรรต่อโปรตีนไคเนส C (PKC) มีการนำไปใช้อย่างแพร่หลายในการศึกษาที่มุ่งเข้าใจบทบาทของ PKC ในกระบวนการเซลล์ต่างๆ รวมถึงการส่งสัญญาณ การเพิ่มจำนวนเซลล์ และการตายของเซลล์ นักวิจัยใช้สารประกอบนี้เพื่อสืบสวนกลไกที่อยู่เบื้องหลังโรคที่การทำงานของ PKC ผิดปกติ เช่น มะเร็ง โรคหัวใจและหลอดเลือด และภาวะเสื่อมถอยของระบบประสาท ความสามารถในการยับยั้งไอโซฟอร์มของ PKC ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการแยกวิเคราะห์เส้นทางเฉพาะและประเมินเป้าหมายบำบัดที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาทางเภสัชวิทยีเพื่อประเมินประสิทธิภาพของตัวยับยั้ง PKC ในแบบจำลองก่อนคลินิก