ใช้เป็นสารระหว่างกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพและยาตัวสมัคร โครงสร้างประกอบด้วยพิเพอริดีนที่ได้รับการป้องกันด้วย tert-butoxycarbonyl (Boc) และมีหมู่ amide ของพิรโรลิดีนที่ตำแหน่ง 3 ซึ่งช่วยในการนำเอาโครงสร้างพิรโรลิดีนและพิเพอริดีนเข้าไปในโมเลกุล โครงสร้างเหล่านี้พบได้บ่อยในเคมียารักษาโรคเพื่อเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับคู่ หมู่ Boc ช่วยป้องกันไนโตรเจนในพิเพอริดีน ทำให้สามารถควบคุมทิศทางปฏิกิริยาได้อย่างเลือกสรรและถอดออกได้ง่ายในภายหลัง นิยมใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งโปรติเอสและตัวปรับตัวรับ รวมถึงในงานวิจัยสำหรับการสังเคราะห์ไลบรารีในศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ทางชีวภาพ (SAR)