1-Cbz-3-Cyanopiperidine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาและสารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งกลุ่มปกป้องคาร์โบเบนซิลอกซี (Cbz) และกลุ่มฟังก์ชันไนไตรล์ (ไซยาไนด์) ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไพเปอริดีน ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาแก้ประสาทหลอนและยาแก้ปวด นอกจากนี้ กลุ่ม Cbz สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรใต้สภาวะอ่อนโยน ช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมของโมเลกุลได้ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์และสำรวจตัวแทนบำบัดใหม่ ๆ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในเคมียารักษาและการค้นพบยา