ใช้หลักๆ เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ที่ต้องการโครงสร้างพิเพอร์ราซีนที่ได้รับการป้องกันด้วย Boc หมู่ไนโตรฟีนิลช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมโดยการรีดิวซ์เป็นอะนิลีน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาคัปปลิ้ง เช่น การสร้างอะไมด์หรือไดอะโซติเซชัน โครงสร้างของมันมีคุณค่าในเคมียาในการสร้างยารักษาโรคที่เล็งเป้าไปที่โรคระบบประสาทส่วนกลาง โรคหัวใจและหลอดเลือด และมะเร็งบางชนิด กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ให้การป้องกันชั่วคราวแก่ไนโตรเจนของพิเพอร์ราซีน ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรที่ตำแหน่งอื่นๆ และสามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ เมื่อจำเป็น ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ออร์กานิกหลายขั้นตอนทั้งในงานวิจัยและอุตสาหกรรม