แคนทาริดินถูกใช้หลักๆ ในด้านโรคผิวหนังสำหรับการรักษาหูดและ molluscum contagiosum โดยทำงานโดยทำให้เกิดตุ่มน้ำที่ผิวหนัง ซึ่งช่วยขจัดเนื้อเยื่อที่ได้รับผลกระทบ ในทางการแพทย์สัตว์ ถูกใช้เป็นสารทำให้เกิดตุ่มน้ำเพื่อรักษาโรคผิวหนังบางอย่างในสัตว์ นอกจากนี้ แคนทาริดินมีประวัติการใช้เป็นยาเพิ่มสมรรถภาพทางเพศ แม้ว่าจะไม่ได้รับการสนับสนุนทางวิทยาศาสตร์และอาจอันตราย นอกจากนี้ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการยึดเกาะของเซลล์และการก่อตัวของเวสิเคิล เนื่องจากความสามารถในการรบกวนจุดเชื่อมต่อของเซลล์ และการศึกษาพื้นฐานชี้ว่าแคนทาริดินอาจมีศักยภาพในการต้านมะเร็ง โดยสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งบางชนิดได้ เนื่องจากมีพิษสูง การใช้ต้องถูกควบคุมอย่างเข้มงวดและควรบริหารโดยผู้เชี่ยวชาญที่มีคุณสมบัติเท่านั้น