ใช้หลักly เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยารักษาโรคเบาหวาน หมู่ฟลูออโรซัลโฟนิลช่วยให้มีคุณสมบัติยึดอิเล็กตรอนสูง ทำให้มีคุณค่ากในการสร้างอนุพันธ์ซัลโฟนาไมด์และซัลโฟนผ่านปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอไฟล์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งแบบโคเวเลนต์เนื่องจากความตอบสนองของหมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ ซึ่งสามารถจับกับกรดอะมิโนเฉพาะในโปรตีนเป้าหมายได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับปรับเปลี่ยนพื้นผิวโพลิเมอร์และเพิ่มความต้านทานสารเคมีผ่านปฏิกิริยาการเชื่อมขวาง