เปปซินถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมอาหารสำหรับการผลิตโปรตีนไฮโดรไลเซต ซึ่งจำเป็นในการสร้างผลิตภัณฑ์เสริมอาหาร นมผงสำหรับเด็ก และผลิตภัณฑ์โภชนาการสำหรับนักกีฬา ความสามารถในการย่อยโปรตีนให้เป็นเปปไทด์ขนาดเล็กทำให้มีคุณค่าในการผลิตชีส โดยช่วยในการทำให้กะทิแข็งตัวเพื่อผลิตชีส

ในด้านการแพทย์ เปปซินถูกใช้เป็นเอนไซม์ย่อยอาหารในยารักษาโรค เช่น อาการท้องอืดและการทำงานไม่สมบูรณ์ของตับอ่อน ช่วยให้ผู้ที่มีปัญหาการย่อยอาหารดูดซึมสารอาหารได้ดีขึ้น

นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยห้องปฏิบัติการสำหรับการวิเคราะห์โปรตีนและการแยกเนื้อเยื่อในงานเพาะเลี้ยงเซลล์ ความจำเพาะในการตัดพันธะเปปไทด์ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในงานทดลองทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล