นิสตาทินใช้ในการรักษาการติดเชื้อรา โดยเฉพาะเชื้อราในสกุล Candida ซึ่งมักทำให้เกิดการติดเชื้อในช่องปาก ลำคอ ระบบทางเดินอาหาร ผิวหนัง และช่องคลอด มักใช้ในรูปแบบครีม ยาขี้ผึ้ง ยาเม็ด หรือสารละลายสำหรับรับประทานหรือทาเฉพาะที่ เนื่องจากนิสตาทินดูดซึมเข้าสู่กระแสเลือดได้น้อย จึงเหมาะสำหรับการรักษาการติดเชื้อเฉพาะที่และในลำไส้ นอกจากนี้ยังใช้เพื่อป้องกันการติดเชื้อราในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยที่ได้รับเคมีบำบัดหรือปลูกถ่ายอวัยวะ โดยออกฤทธิ์โดยการจับกับเออร์โกสเตอรอลในเยื่อหุ้มเซลล์เชื้อรา ทำให้เยื่อหุ้มเซลล์เสียหายและเซลล์ตาย