เซอร์ทาคอนาโซล ไนเตรท ใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาการติดเชื้อรา โดยเฉพาะที่ผิวหนังและเยื่อเมือก มีประสิทธิภาพสูงต่อเชื้อราที่ทำให้เกิดโรคผิวหนัง ยีสต์ และราบางชนิด ทำให้เป็นทางเลือกหลักสำหรับภาวะเช่น เชื้อราที่เท้า กลาก และคันดิดา ฤทธิ์ต้านเชื้อราโดยยับยั้งการสังเคราะห์เออร์โกสเตอรอล ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของเยื่อหุ้มเซลล์เชื้อรา นำไปสู่การตายของเซลล์

ในด้านโรคผิวหนัง มักปรุงเป็นครีม ผง หรือเจลสำหรับทาเฉพาะที่ ช่วยบรรเทาอาการคัน แดง และสะเก็ดที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อรา ฤทธิ์ต้านการอักเสบและลดอาการคันช่วยเสริมประโยชน์ในการรักษา ทำให้เหมาะสำหรับบริเวณผิวที่บอบบาง นอกจากนี้ยังใช้ในสูตินรีเวชศาสตร์เพื่อรักษาคันดิดาในช่องคลอดและบริเวณรอบๆ ให้การบรรเทาอาการอย่างรวดเร็วและการปฏิบัติตามของผู้ป่วยสูงเนื่องจากศักยภาพในการระคายเคืองต่ำ ฤทธิ์ครอบคลุมกว้างและโปรไฟล์ความปลอดภัยทำให้เป็นตัวเลือกที่น่าเชื่อถือสำหรับการติดเชื้อราระยะเฉียบพลันและเรื้อรัง บางครั้งยังใช้รักษาเชื้อราที่เล็บและหนังศีรษะ โดยทั่วไปใช้ในรูปแบบครีมหรือเจลทาบริเวณที่ได้รับผลกระทบ วันละ 1-2 ครั้ง ตามคำแนะนำของแพทย์