เบทานีคอล คลอไรด์ ใช้หลักในการรักษาภาวะปัสสาวะคั่ง โดยเฉพาะในกรณีที่กระเพาะปัสสาวะไม่สามารถหดตัวได้อย่างมีประสิทธิภาพ มักสั่งใช้หลังการผ่าตัด คลอดบุตร หรือในภาวะกระเพาะปัสสาวะจากระบบประสาท (neurogenic bladder) ซึ่งเกิดจากความเสียหายของเส้นประสาทที่ควบคุมการทำงานของกระเพาะปัสสาวะ ยาช่วยกระตุ้นกล้ามเนื้อกระเพาะปัสสาวะ ส่งเสริมการปัสสาวะ และลดความเสี่ยงของการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะหรือความเสียหายต่อไตจากปัสสาวะคั่ง

นอกจากนี้ ยังอาจใช้จัดการปัญหาทางเดินอาหาร เช่น การบวมท้องหลังผ่าตัดหรือภาวะกระเพาะอาหารหยุดทำงาน (gastric atony) โดยเพิ่มการเคลื่อนไหวของทางเดินอาหาร อย่างไรก็ตาม การใช้ในกรณีเหล่านี้ไม่ค่อยพบบ่อยและต้องมีการดูแลทางการแพทย์อย่างใกล้ชิดเนื่องจากผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เบทานีคอล คลอไรด์ มักให้ทางปากหรือฉีดใต้ผิวหนัง และปรับขนาดยาตามภาวะและการตอบสนองของผู้ป่วย