อะมิโลไรด์ ไฮโดรคลอไรด์ใช้เป็นยาขับปัสสาวะที่ช่วยลดการสะสมของโซเดียมและน้ำในร่างกาย มักใช้ในการรักษาภาวะบวมน้ำที่เกิดจากโรคหัวใจ ตับ หรือไต นอกจากนี้ยังใช้ร่วมกับยาขับปัสสาวะชนิดอื่นเพื่อป้องกันการสูญเสียโพแทสเซียมในร่างกาย ซึ่งอาจเกิดจากยาขับปัสสาวะบางชนิด อะมิโลไรด์ ไฮโดรคลอไรด์ยังมีบทบาทในการรักษาภาวะความดันโลหิตสูง โดยช่วยควบคุมระดับของเหลวและอิเล็กโทรไลต์ในร่างกาย ทำให้ความดันโลหิตลดลงได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในบางกรณี ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาช่องโซเดียม เนื่องจากความสามารถในการยับยั้งการขนส่งโซเดียมในเนื้อเยื่อต่างๆ บทบาทในการรักษาสมดุลอิเล็กโทรไลต์ทำให้เป็นยาที่มีคุณค่าในทางคลินิก