เอนไซม์ทริปซินรีคอมบิแนนท์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการเพาะเลี้ยงเซลล์ โดยเฉพาะในการแยกเซลล์ที่ยึดติดออกจากพื้นผิว เช่น ในขั้นตอนการถ่ายโอนเซลล์ (subculturing) มันเป็นทางเลือกที่จำเพาะเจาะจงและสม่ำเสมอแทนทริปซินจากสัตว์ ลดความเสี่ยงจากการปนเปื้อนของไวรัสหรือพรีออน

การใช้งานสำคัญในอุตสาหกรรมชีวเภสัชภัณฑ์ รวมถึงการผลิตแอนติบอดีส์โมโนโคลนอลและวัคซีน ซึ่งต้องการความสม่ำเสมอของกระบวนการและการปฏิบัติตามกฎระเบียบ นอกจากนี้ ยังใช้ในโปรตีโอมิกส์สำหรับการย่อยโปรตีนก่อนการวิเคราะห์ด้วยสเปกโตรเมตรีมวลสาร ให้การตัดที่ lysine และ arginine อย่าง reproducible

เนื่องจากความบริสุทธิ์สูงและความน่าเชื่อถือระหว่างล็อต Recombinant trypsin จึงได้รับความนิยมในชุดตรวจการวินิจฉัยและการแพทย์รีเจนเนอเรทีฟ รวมถึงกระบวนการเพาะเลี้ยงเซลล์ต้นกำเนิด

ข้อได้เปรียบคือ ไม่มีสารปนเปื้อนจากสัตว์ ลดความเสี่ยงไวรัสหรือพรีออน เหมาะสำหรับการใช้งานในระดับอุตสาหกรรมที่ต้องการความปลอดภัยสูง และควบคุมคุณภาพได้สม่ำเสมอ