รีคอมบิแนนท์ไทรปซินถูกใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการเพาะเลี้ยงเซลล์ โดยเฉพาะในการแยกเซลล์ระหว่างการย่อยถ่ายรุ่น เช่น ใช้ในการย่อยโปรตีนที่ยึดเซลล์ไว้กับพื้นผิวของจานเพาะเลี้ยง เพื่อให้ได้เซลล์เดี่ยวที่สามารถนำไปใช้ต่อได้อย่างอ่อนโยนและสม่ำเสมอโดยไม่ทำลายเยื่อหุ้มเซลล์ ซึ่งมีความสำคัญต่อการขยายเซลล์ การทดลองทางชีววิทยาเซลล์ การเพาะเลี้ยงสเต็มเซลล์ การผลิตวัคซีน และการผลิตชีวเภสัชภัณฑ์

เนื่องจากมีความบริสุทธิ์สูงและไม่มีส่วนประกอบจากสัตว์ จึงลดความเสี่ยงจากสารปนเปื้อน เช่น ไวรัสหรือพรีออน และเพิ่มความน่าเชื่อถือในการใช้งาน

นอกจากนี้ รีคอมบิแนนท์ไทรปซินยังใช้ในโปรเตโอมิกส์สำหรับการย่อยโปรตีนก่อนการวิเคราะห์ด้วยสเปกโตรเมตรีมวลสาร โดยให้การตัดที่ไลซีนและอาร์จินีนอย่างแม่นยำ

ในกระบวนการผลิตโปรตีนรีคอมบิแนนท์ รีคอมบิแนนท์ไทรปซินยังสามารถใช้ตัดลำดับเปปไทด์เฉพาะเพื่อเปิดใช้งานโปรตีนเป้าหมาย หรือตัดแท็กที่ใช้ในการทำให้บริสุทธิ์ออกได้อย่างแม่นยำ ส่งผลให้ได้ผลิตภัณฑ์สุดท้ายที่มีโครงสร้างและหน้าที่ใกล้เคียงกับโปรตีนธรรมชาติมากที่สุด

กิจกรรมที่สม่ำเสมอและความน่าเชื่อถือระหว่างล็อตทำให้เหมาะสำหรับกระบวนการอัตโนมัติและขนาดใหญ่ในทั้งงานวิจัยและอุตสาหกรรม