ฟลูออเรสซีนถูกใช้เป็นตัวติดตามในงานวิเคราะห์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในด้านการแพทย์และชีววิทยา นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อตรวจหาความผิดปกติของหลอดเลือดในดวงตา โดยการฉีดเข้าเส้นเลือดแล้วสังเกตการกระจายตัวของสารภายใต้แสงยูวี ซึ่งช่วยให้เห็นภาพของเส้นเลือดและพื้นที่ที่มีการรั่วหรืออุดตันได้อย่างชัดเจน นอกจากนี้ ฟลูออเรสซีนยังใช้ในงานตรวจสอบการรั่วซึมของท่อน้ำหรือระบบท่อในงานวิศวกรรม สิ่งแวดล้อม และงานชลประทาน โดยเติมสารนี้ลงไปในน้ำแล้วติดตามการไหลด้วยเครื่องตรวจจับแสงเรือง ซึ่งมีความไวสูงและสามารถตรวจพบได้แม้ในความเข้มข้นต่ำ ในงานวิจัยทางชีววิทยา ฟลูออเรสซีนมักถูกใช้ร่วมกับแอนติบอดีหรือโมเลกุลอื่น ๆ เพื่อทำเครื่องหมายเซลล์หรือโปรตีนเฉพาะ ทำให้สามารถสังเกตการกระจายตัวหรือการทำงานของโมเลกุลเหล่านั้นภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบฟลูออเรสเซนซ์ได้