ฮิพอันทีนถูกใช้ในหลายด้าน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมชีวเคมีและเภสัชกรรม เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์กรดนิวคลีอิกและนิวคลีโอไทด์ เช่น อะดีโนซีนไตรฟอสเฟต (ATP) และกรดนิวคลีอิกดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอ จึงมีบทบาทในงานวิจัยด้านพันธุศาสตร์และชีววิทยาโมเลกุล ในด้านการแพทย์ ฮิพอันทีนใช้เป็นตัวชี้วัดระดับการเผาผลาญพลังงานในเซลล์ โดยเฉพาะในกล้ามเนื้อขณะออกกำลังกายหนัก เพราะเมื่อระดับ ATP ลดลง ฮิพอันทีนจะถูกสร้างขึ้นจากการสลายตัวของอะดีโนซีนโมโนฟอสเฟต (AMP) นอกจากนี้ยังใช้ในสื่อเพาะเลี้ยงเซลล์ โดยเฉพาะในกระบวนการเพาะเลี้ยงเซลล์สัตว์และไฮบริดมา ซึ่งต้องการฮิพอันทีนร่วมกับอะมิโนเพอรินและธัยมิดีน (HAT medium) เพื่อคัดเลือกเซลล์ไฮบริดที่มีการรวมตัวกันสำเร็จ ในอุตสาหกรรมอาหาร ฮิพอันทีนเป็นหนึ่งในสารที่เกิดจากการสลายตัวของ ATP ในเนื้อสัตว์หลังการฆ่า ทำให้สามารถใช้ประเมินความสดของเนื้อสัตว์ โดยยิ่งมีปริมาณฮิพอันทีนสูง แสดงว่าเนื้อสัตว์ถูกเก็บรักษานานแล้ว