ฟลูเบนดาโซลเป็นสารต้านพยาธิชนิดหนึ่งที่ใช้ในการรักษาการติดเชื้อพยาธิในสัตว์และมนุษย์ โดยเฉพาะพยาธิตัวกลมและพยาธิใบไม้ มีการใช้ในสัตวแพทย์อย่างแพร่หลายเพื่อรักษาพยาธิในสัตว์เลี้ยงและสัตว์เศรษฐกิจ เช่น วัว แกะ และสุกร นอกจากนี้ ฟลูเบนดาโซลยังอยู่ระหว่างการศึกษาเพื่อใช้รักษาโรคบางชนิดในมนุษย์ เช่น การติดเชื้อพยาธิไส้เดือนหรือพยาธิในอวัยวะต่าง ๆ โดยออกฤทธิ์ยับยั้งการสร้างไมโครทูบิวล์ในเซลล์ของพยาธิ ทำให้พยาธิไม่สามารถเคลื่อนไหวหรือดูดซึมสารอาหารได้ ส่งผลให้ตายลง มีงานวิจัยบางชิ้นที่ศึกษาศักยภาพของฟลูเบนดาโซลในการต้านมะเร็ง เนื่องจากมีฤทธิ์รบกวนการแบ่งเซลล์ของเซลล์มะเร็งในระดับห้องปฏิบัติการ แต่ยังไม่มีการใช้ในทางคลินิกอย่างกว้างขวางสำหรับจุดประสงค์นี้