ใช้ฟลูมิควินเป็นยาปฏิชีวนะในสัตวแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาโรคติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์น้ำ เช่น ปลาแซลมอน ปลาเทราต์ และสัตว์น้ำอื่น ๆ ช่วยควบคุมโรคที่เกิดจากแบคทีเรียก่อโรค เช่น Aeromonas, Vibrio และ Pseudomonas spp. ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคติดเชื้อระบบทางเดินอาหารและโรคติดเชื้อทั่วร่างกาย มักใช้โดยการผสมในอาหารสัตว์น้ำหรือแช่ในน้ำที่มีสัตว์น้ำอยู่ อย่างไรก็ตาม การใช้ฟลูมิควินถูกห้ามในหลายประเทศเนื่องจากกังวลเรื่องสารตกค้างในอาหารและปัญหาความต้านทานต่อยาปฏิชีวนะ