ใช้หลักในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะในพื้นที่ที่ Plasmodium falciparum พัฒนาการดื้อยาต้านมาลาเรียอื่นๆ มักให้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่น เช่น อาร์เทสูนาเต เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงของการดื้อยา อะโมเดียควิน ไฮโดรคลอไรด์ มีประสิทธิภาพโดยเฉพาะในกลุ่มเด็ก และใช้กันอย่างแพร่หลายในประเทศแอฟริกาสำหรับมาลาเรียไม่รุนแรงและการป้องกันตามฤดูกาล ความสามารถในการกำหนดเป้าหมายระยะตับและระยะเลือดของปรสิตช่วยลดการแพร่กระจายและการกำเริบของมาลาเรีย แต่ต้องระวังผลข้างเคียงที่อาจเกิดกับตับและระบบเลือดหากใช้ในระยะยาว