ไนตาซอกซานายด์ ใช้เป็นยาต้านเชื้อปรสิตและจุลชีพ โดยเฉพาะในการรักษาโรคท้องร่วงจากเชื้อโปรโตซัว เช่น Giardia lamblia และ Cryptosporidium parvum ซึ่งมักเป็นสาเหตุของโรคท้องร่วงในเด็กและผู้ใหญ่ โดยมีประสิทธิภาพทั้งในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันปกติและผู้ที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่อง นอกจากนี้ ไนตาซอกซานายด์ยังถูกศึกษาและใช้ในบางกรณีสำหรับการรักษาการติดเชื้อไวรัส เช่น ไวรัสตับอักเสบ เอ และ ซี รวมถึงการติดเชื้อทางเดินหายใจจากไวรัสบางชนิด เนื่องจากมีฤทธิ์กระตุ้นระบบภูมิคุ้มกันและยับยั้งการแพร่พันธุ์ของไวรัสในระดับเซลล์ ยาตัวนี้มักให้ในรูปแบบเม็ดหรือสารละลายทางปาก และมีความปลอดภัยสูงเมื่อใช้ตามแพทย์สั่ง โดยมีผลข้างเคียงน้อย เช่น คลื่นไส้ ปวดท้อง หรือปวดหัวเล็กน้อย