ใช้เมทราเฟนโอนเป็นสารกำจัดเชื้อราในพืช โดยเฉพาะสำหรับควบคุมโรคราสนิมและโรคใบไหม้ในพืชหลายชนิด เช่น องุ่น ข้าวสาลี และผักบางชนิด ออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการสังเคราะห์เออร์โกสเตอรอล ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของผนังเซลล์เชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถเจริญเติบโตได้ ใช้ได้ทั้งเพื่อการป้องกันและรักษา สามารถดูดซึมเข้าสู่ใบได้ดีและมีฤทธิ์คงตัวภายใต้สภาวะแวดล้อมต่าง ๆ จึงนิยมใช้ในระบบการเกษตรกรรมที่ต้องการประสิทธิภาพสูงและความปลอดภัยต่อพืช