ฟลูออกซาสโตรบินเป็นสารกำจัดเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อราในพืช เช่น โรคใบไหม้ โรคสนิม และโรคขอบใบไหม้ในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด เช่น ข้าว ข้าวสาลี มันฝรั่ง และพืชไร่ต่าง ๆ สารนี้ออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการสร้างพลังงานในเซลล์ของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถดำรงชีวิตหรือขยายพันธุ์ได้ มีประสิทธิภาพทั้งการซึมซับเข้าสู่พืชและการกระจายตัวบนผิวพืช จึงใช้ได้ทั้งแบบพ่นทางใบและผสมกับดิน ฟลูออกซาสโตรบินมักถูกผสมกับสารกำจัดเชื้อราชนิดอื่นเพื่อเพิ่มช่วงการควบคุมโรคและลดการดื้อยาของเชื้อรา ช่วยยืดอายุการใช้งานของสารกำจัดเชื้อราในระบบการจัดการศัตรูพืชแบบผสมผสาน เนื่องจากมีฤทธิ์ยาวนานและมีความเป็นพิษต่ำต่อสัตว์มีกระดูกสันหลัง ฟลูออกซาสโตรบินจึงเป็นที่นิยมในเกษตรกรรมเชิงพาณิชย์ โดยเฉพาะในระบบการผลิตพืชที่ต้องการคุณภาพผลผลิตสูงและปลอดโรค