สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสายเปปไทด์ที่ซับซ้อน โดยกลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) และ tert-butoxycarbonyl (Boc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันแบบออร์โธกอนัลสำหรับอะตอมไนโตรเจนทั้งสองของวงแหวนพิเพอราซีน การนำไปใช้มีความสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถประกอบเปปไทด์แบบทีละขั้นตอนด้วยความแม่นยำสูง กลุ่ม Fmoc สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างเลือกเฉพาะใต้สภาวะเบสอ่อน ในขณะที่กลุ่ม Boc ต้องการสภาวะกรด ซึ่งช่วยให้การกำจัดป้องกันสามารถควบคุมได้ในระหว่างการสังเคราะห์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี