ใช้เป็นสารตัวป้องกัน (protecting group reagent) ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลซับซ้อน เช่น สารจากธรรมชาติและยา กลุ่ม tert-butyldimethylsilyl (TBS) ให้ความเสถียรแก่หมู่ฟังก์ชันที่อ่อนไหว โดยเฉพาะแอลกอฮอล์ (รวมถึงหมู่ฟีนอล) ภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ผู้แทน bromo และ methoxy บนวงแหวน phenoxy ช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนัไลเซชันเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง ทำให้สารซิลิลอีเทอร์นี้เป็นตัวกลางที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์หลายขั้นตอน การประยุกต์ใช้เด่นชัดในเคมียารักษาโรคที่ต้องการการป้องกันและถอดป้องกันแบบเลือกสรรเพื่อให้ได้โครงสร้างโมเลกุลที่ต้องการ สามารถถอดกลุ่มป้องกันออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนหรือสารตัวทำละลายเฉพาะ โดยไม่กระทบต่อโครงสร้างหลักของโมเลกุล