Aclacinomycin A hydrochloride ใช้หลักในการรักษามะเร็งหลายชนิด โดยเฉพาะมะเร็งเม็ดเลือดขาว โดยทำงานผ่านการยับยั้งกิจกรรมของ topoisomerase II ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญสำหรับการทำซ้ำของ DNA และการแบ่งตัวของเซลล์ จึงป้องกันการเพิ่มจำนวนของเซลล์มะเร็ง สารนี้ให้ทางหลอดเลือดดำและมักใช้ร่วมกับยาเคมีบำบัดอื่นๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ การใช้ต้องได้รับการตรวจสอบอย่างใกล้ชิดเนื่องจากอาจมีผลข้างเคียง เช่น ผลกระทบต่อหัวใจ (cardiotoxicity) การกดการสร้างเม็ดเลือด (myelosuppression) และอาการทางเดินอาหาร การวิจัยยังคงศึกษาศักยภาพในการรักษามะเร็งชนิดอื่นและปรับปรุงดัชนีบำบัด